儿童孤独症的治疗采用以教育和训练为主、药物为辅的办法。在教育或训练过程中有三个原则：①对孩子行为宽容和理解；②异常行为的改变和变更；③特别能力的发现、培养和转化。训练应该以家庭为中心，同时注意充分利用社会资源，开办日间训练和教育机构，在对患儿训练的同时，也向家长传播有关知识，是目前孤独症教育和治疗的主要措施。
结构化教育
结构化教育是由美国北卡罗来那大学建立的一套专门针对孤独症儿童的教育方法，是在欧美国家获得最高评价的孤独症训练课程。该方法主要针对孤独症儿童在语言、交流、以及感知觉运动等方面所存在的缺陷有针对性地对孤独症儿童进行教育，核心是增进孤独症儿童对环境、对教育和训练内容的理解和服从。该课程根据孤独症儿童能力和行为的特点设计个体化的训练内容；训练内容包含儿童模仿、粗细运动、知觉能力、认知、手眼协调、语言理解和表达、生活自理、社交以及情绪情感等各个方面。强调训练场地或家庭家具地特别布置、玩具及其有关物品的特别摆放；注重训练程序的安排和所谓的视觉提示；在教学方法上充分运用语言、身体姿势、提示、标签、图表、文字等各种方法增进儿童对训练内容的理解和掌握；同时运用行为强化原理和其他行为矫正技术帮助儿童克服异常行为，增加良好行为。课程可以在有关机构开展，也可在家庭中开展。
应用行为分析疗法
又称ABA。1987年Lovaas报道对一组19例孤独症儿童采用ABA疗法干预2年时间，结果有9例儿童基本恢复正常，其他儿童也有不同程度的好转，这一报道引起了轰动。其后许多研究者重复了ABA，也获得了不同程度的成功。早期报道ABA对高功能孤独症有较好疗效，目前认为该疗法对各类广泛性发育障碍儿童均有很好的疗效。Lovaas的研究对象主要是3岁左右的孤独症儿童，这是取得良好疗效的重要因素。但是目前认为即使对于较大的孤独症儿童，ABA仍然有很高的应用价值。ABA采用行为塑造原理，以正性强化为主促进孤独症儿童各项能力发展。其核心部分是任务分解技术(discrete trial therapy,DTT)，所谓DTT包括：①任务分解。②分解任务强化训练，在一定的时间内只进行某分解任务的训练。③奖励(正性强化)任务的完成，每完成一个分解任务都必须给予强化(reinforce)，强化物主要是食品、玩具和口头或身体姿势表扬，强化随着进步逐渐隐退。④提示(prompt)和提示渐隐(fade)，根据儿童的发展情况给予不同程度的提示或帮助，随着所学内容的熟练又逐渐减少提示和帮助。⑤间歇(intertrial interval)，在两个分解任务训练之间需要短暂的休息。训练要求个体化、系统化、严格性、一致性、科学性。要保证治疗应该具有一定的强度，每周20～40h。每天1～3次，每次3h，在3h内要求完成规定的任务。
药物治疗
由于有关孤独症的病因学和生化异常改变没有完全阐明，到目前为止，孤独症没有特效药物，尤其对于核心的语言和交流障碍缺乏有效药物。但在其他的行为控制方面药物治疗方面取得了进展。值得提出的是尚无证据表明神经营养药物对儿童孤独症有效。
1）多动行为：哌甲酯（利他林）对孤独症注意缺陷多动障碍效果良好，副作用有可能加重刻板行为、自伤行为、退缩行为和导致过度激惹的发展；可乐宁也用来治疗多动行为和儿童睡眠问题，可乐宁有口服与贴剂，贴剂对于拒绝吃药的孩子较好，主要副作用有嗜睡和低血压；胍法新是可乐宁的同类药，嗜睡作用少；
2）攻击行为：氟哌啶醇可以用于治疗孤独症儿童的攻击行为，也可以用于减少刻板行为、多动和自伤，在某些孩子还可以增加发音和社会交往，尽管氟哌啶醇可能对学习没有帮助，但可以安静孩子而且没有镇静作用，很遗憾的是该药引起锥体外系症状很多，合并使用安坦、苯扎托品可以减少这种副作用。长期使用可引起迟发性运动障碍，适合短期使用；新型抗精神病类药物维思通和氯氮平使用可能更为安全，副作用少些，可以长期使用，但是使用氯氮平要注意白细胞减少。其他治疗攻击行为的药物还有心得安、卡马西平、丙戊酸钠、丁螺环酮和锂剂。
3）自伤行为：上述治疗攻击行为药物可以治疗自伤行为，此外合成阿片受体拮抗剂纳曲酮（NALTREXONE），也被用于治疗儿童自伤和攻击行为；纳曲酮还有中度改善多动和刻板行为作用。
4）刻板僵直行为：5羟色胺重摄取抑制剂百忧解（Prozac）可治疗孤独症的重复刻板行为，三环抗抑郁药安那芬尼（氯丙米嗪，Anafranil）也可能有效，芬氟拉明（Fefluramine）由于较多副作用，包括多动、激动、食欲减退和失眠 ，现已经少用。
5）抑郁：在少年PDD病人尤其是ASPERGER 综合征情绪障碍例如抑郁多见，三环抗抑郁药丙米嗪、去甲替林（NORTRIPTYLINE）和去甲丙米嗪（DESIPRAMINE）可能有用，百忧解也可使用，如果有躁狂，可使用锂剂。
6）惊厥：一般用卡马西平和丙戊酸钠。苯巴必妥、苯妥英由于引起多动和激惹而应该避免使用。
7）睡眠障碍：褪黑激素（MELATONIN）、丙米嗪（IMIPRAMINE）、水合氯醛、可乐宁
8）其他药物：分泌素、大剂量维生素B6合并镁剂、二甲基甘氨酸（ Dimethylglycine） 以及大剂量维生素C和叶酸等治疗在国外较为盛行，据称可以全面改善孤独症的语言和交流障碍。疗效尚不确切。
感觉统合训练
感觉统合治疗是由美国的爱尔丝创立，目前主要运用于儿童多动症和儿童学习障碍的治疗，也广泛运用于儿童孤独症的治疗，该疗法主要运用滑板、秋千、平衡木等游戏设施对儿童进行训练，根据报道和观察对于减少孤独症儿童的多动行为、增加语言等有较好的疗效。此外类似于感觉统合的疗法还包括音乐治疗、捏脊治疗、挤压疗法、拥抱治疗、触摸治疗等、感觉统合治疗可以在医院接受治疗，也可在家庭中创造条件进行。
听觉统合训练（AIT）
AIT也是属于感觉统合治疗的一种。AIT由法国耳鼻喉科医生布拉德医生建立，治疗步骤如下：（1）检查外耳道，清除耵聍，这一步是很重要的。（2）病人要接受 18 到 20 次的听力训练，每次30分钟。多数情况下，10天一疗程，每天两次，可以连续进行，也可在中间休息1-2天。一般情况下必须遵照规定执行。（3）病人所听的是经过加工的音乐，所谓加工音乐指随机删除了低频和高频的CD音乐，病人通过耳机听取音乐，频率的随机选择又叫调频（MODULATION）。（4）音量不要超过85分贝，根据病人的舒适度尽量用较低的音量或者中等度音量，85分贝相当于在5英尺外听吸尘器的声音。同时应该强调的是病人对声音强度的知觉还取决于音调，因此调整音调也很重要。（5）在治疗前、治疗中、治疗后都需要获得听力图。用治疗前和中期的听力图来调节听力治疗仪的声音滤过器，滤过器被用来选择病人听后感觉愉快的音频（6） AIT涉及听力学、行为分析和处理、教育问题、病人及家庭治疗后的咨询 。最满意的结果的取得需要多学科团队共同参与，包括听力学、心理学、特殊教育、语言言语治疗学。
为了配合作好以上的教育和治疗，父母亲需要接受事实，克服心理不平衡状况并妥善处理孩子的教育与父母工作生活的关系。化爱心、耐心、恒心为动力，积极投入到孩子的教育、训练和治疗活动中去。记录孩子发育行为和治疗效果。和医生建立长期的咨询合作关系。
